Регрессивная гипотеза
Вирусы могли быть маленькими клетками, которые паразитировали на более крупных клетках. Со временем гены, не необходимые для их паразитирования, были утрачены
Гипотеза клеточной происхождения
Вирусы возникли из компонентов клеток, таких как плазмиды, которые приобрели способность перемещаться между клетками. Теоретически, они могли "побежать" из клетки и приобрести оболочку, необходимую для проникновения в другие клетки, таким образом становясь вирусами.
Гипотеза коэволюции (вирусы как первичные формы жизни)
Вирусы могли коэволюционировать с первыми клеточными формами жизни. Это означает, что вирусы и клетки могли возникнуть из древнего общего предка. Возможно, вирусы появились как самостоятельные репликативные структуры на ранних этапах развития жизни, одновременно с первыми клетками, и с тех пор продолжали существовать как паразиты.
На сегодняшний день ни одна из гипотез не является полностью доказанной, и возможно, что разные вирусы имеют разное происхождение